이번 엑스컴2는 일찌감치 발표한것과 같이 유저의 모드를 적극적으로 지원합니다.모드툴 용량만 수십기가에 달하며 뭐든 할수 있도록 만들었다고도 했죠. 즉 모드만 놓고 보면 베데스다의 엘더스크롤 시리즈나 폴아웃 시리즈에 뒤지지 않는 툴을 유저들에게 제공한 겁니다. 게임이 발매된지 몇일 지나지 않았기에 모드들은 주로 게임내 수치 조정들이나 불편한 인터페이스 수정등이 주로 올라오고 있고그외에 게임내 텍스트 변경, 그래픽 텍스쳐 수정한 것들도 올라오고 있습니다.그리고 추가병과 같은 게임시스템 변경한 모드들도 있구요.공식에서 추가한 외계인 모드도 있습니다. 모드들 가운데서 웰시코기를 손에 들고 총처럼 쏘는 모드도 있는데요,이런 모드들을 볼때 확실히 알수 있는건 그래픽적인 면에서 모델과 텍스쳐 모두를 다 수정가능