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KISTI Tachyon2 시스템에서 OpenBLAS-0.2.19 빌드 하기

HPC 정보 공유의 창|2017년 4월 5일

[시스템정보]OS : CentOS 5.3 $ module load compiler/intel-2015 mpi/openmpi-1.8.5$ tar xvzf OpenBLAS-0.2.19.tar.gz $ cd OpenBLAS-0.2.19$ make BINARY=64 TARGET=NEHALEM$ make install PREFIX=$HOME/OPENBLAS/0.2.19

TACHYON2(2)OPENBLAS(1)OPENBLAS-0.2.19(1)HPC(10)KISTI(3)

KISTI Tachyon2 시스템에서 NAMD 2.8 빌드 하기

HPC 정보 공유의 창|2017년 4월 5일

[시스템정보]OS : CentOS 5.3 $ module load compiler/intel-2015 mpi/mvapich2-2.1 applic/fftw-2.1.5-single$ tar xvf NAMD_2.8_Source.tar $ cd NAMD_2.8_Source$ tar xvf charm-6.3.2.tar$ cd charm-6.3.2$ ./build charm++ mpi-linux-x86_64 mpicxx ifort --no-build-shared --with-production$ cd ..$ vi arch/Linux-x86_64-icc.arch#############################[변경 전]CXXOPTS = -i-static -O2 $(FLOATOPTS)COPTS = -i-static

HPC(10)KISTI(3)LINUX(487)MOASYS(3)MPI(10)

[bash: timeout] 특정 명령어/프로세스에 대한 실행 시간 제한 설정

반달가면|2017년 3월 27일

특정 명령어 또는 프로세스의 실행 시간을 제한해야 할 경우 timeout을 이용할 수 있다. 어떤 작업이 일정 시간 안에 끝나지 않으면 강제로라도 끝내야 하는 상황이 있을 경우, 또는 특정 프로세스가 버그 등으로 인해 무한히 끝나지 않고 헤멜 가능성이 있다고 생각될 경우에 요긴하다. 아래의 예시를 보자. # 실행 시간 제한 3.5초 timeout 3.5s sleep 10 # 종료 상태(exit status) 확인 echo $? 124 위의 예시를 보면 sleep으로 10초간 대기하라는 명령이지만 실행 시간 제한을 3.5초로 설정했으므로 3.5초후에 sleep 프로세스는 강제 종료된다. 예시를 하나 더 보자. # 실행 시간 제한 2분 timeout 2m sleep 10

명령어(23)리눅스(556)TIMEOUT(4)시간(179)제한(11)

Tachyon2 시스템에 NAMD 2.12 설치 테스트

HPC 정보 공유의 창|2017년 3월 23일

1. intel-2015 컴파일러 mvapich2-2.1 조합 module load compiler/intel-2015 mpi/mvapich2-2.1tar xvzf NAMD_2.12_Source.tar.gzcd NAMD_2.12_Sourcetar xvf charm-6.7.1.tar cd charm-6.7.1./build charm++ mpi-linux-x86_64 mpicxx ifort --with-productioncd ..vi arch/Linux-x86_64-icc.arch########################### - 변경 전 : FLOATOPTS = -ip -axAVX - 변경 후 : FLOATOPTS = -ip###########################./config Linux-x86_

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